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甲基化檢測技術
發布時間: 2025-11-22 點擊次數: 112次甲基化檢測技術
一、甲基化檢測
甲基化檢測主要分為兩大類,第一類非轉化法,有甲基化特異限制性酶切法和免疫共沉淀法。第二類是轉化法,有亞硫酸鹽轉化法和酶轉化法。
1.甲基化特異限制性酶切法
利用甲基化敏感性內切酶(如HpaⅡ)無法切割甲基化CpG位點的特性,通過酶切片段大小判斷甲基化狀態。低成本,簡便操作,適合快篩已知位點。局限:特定序列依賴,難辨部分甲基化,有假陽性風險,不適合混樣。
2.免疫共沉淀法
用5-甲基胞嘧啶抗體富集甲基化DNA片段,結合測序(MeDIP-seq)分析。全基因組覆蓋,無需預知甲基化位點,但分辨率低,抗體特異性要求高,對低甲基化區域不敏感。
3.亞硫酸鹽轉化法
亞硫酸鹽處理使未甲基化C→U,多重PCR靶向富集目標區域,高通量測序定量單堿基甲基化水平。高靈敏度檢測甲基化,質控嚴格,亞硫酸鹽處理或致DNA降解需優化。
4.酶轉化法
酶轉化法通過特定的酶反應將甲基化胞嘧啶轉化為尿嘧啶,避免了亞硫酸鹽處理的化學步驟,提供了一種更為直接和可能更精確的甲基化檢測手段。優點是模板損傷少,甚至可區分出羥甲基胞嘧啶,但轉化效率不全、有序列偏好性,樣本需求量大,商業化試劑盒昂貴,流程不成熟。
二、轉化后甲基化檢測方法
轉化后甲基化檢測方法多樣,例舉幾種常用方法。
1.焦磷酸測序測序峰圖清晰,只需要低模板起始量,但有效讀長只有60bp,無法獲取周圍CpG島信息。
2.克隆測序確定CpG甲基化頻率,500-800bp,每個位點需測序8-10次,但統計誤差較大,重復性差(與克隆數有關),操作繁瑣不宜大批量。
3.Hi-MethylSeq,翼和生物運用亞硫酸氫鹽處理與多重PCR技術,實現目標區間甲基化位點的精確定量分析,一次測序反應每個位點測序長度在150-200bp,深度一般為一千倍以上。
4.qPCR法通過特定的引物探針或染料檢測序列,實驗流程快速便捷,定量準確,但針對固定的檢測位點,覆蓋范圍有限,分辨率低,依賴引物/探針設計,通量受限。



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