STR鑒定科普

1，STR簡介：

STR（Short Tandem Repeat，短串聯(lián)重復(fù)序列）基因位點由長度為3～7個堿基對的短串連重復(fù)序列組成 ，這些重復(fù)序列廣泛存在于人類基因組中，可作為高度多態(tài)性標記，被稱為細胞的DNA指紋。

2，生產(chǎn)流程：

STR的生產(chǎn)流程主要包括，樣本收集，DNA抽提，毛細管凝膠電泳，數(shù)據(jù)導出和報告分析，其中比較重要的在于實驗操作過程中的污染質(zhì)控，以及后續(xù)的報告解讀部分。對于需要做申報的公司，運行數(shù)據(jù)的保存也是相當重要的。

圖1,STR整體質(zhì)控流程

3，鑒定標準和位點：

參考美國國家標準學會(American National Standard Institute,ANSI) 標準：STR Loci (minimum set)TH01, TPOX, vWA, CSF1PO, D16S539, D7S820, D13S317, and D5S818 Gender marker Amelogenin，采用ATCC公布細胞鑒定金標準8位點+1個性別位點，后續(xù)11個高度多態(tài)性位點輔佐判斷。

圖2，STR位點信息

4，完整的報告結(jié)果：

涵蓋一個陽性樣本質(zhì)控峰圖結(jié)果，數(shù)據(jù)庫比對表，標準的STR鑒定報告，毛細管凝膠電泳測序峰圖。其中，陽性質(zhì)控是比較重要的，能確保實驗操作過程中的污染判別，排查實驗操作人員或者環(huán)境中的污染結(jié)果。

圖3，完整的STR報告結(jié)果

5，質(zhì)量管理體系：

上海翼和STR嚴格依據(jù)實驗室質(zhì)控標準：ISO9001質(zhì)量管理體系，CMA司法鑒定標準，建立了完整的質(zhì)量管理體系，從試劑耗材，到實驗操作，數(shù)據(jù)監(jiān)控等方面監(jiān)控實驗數(shù)據(jù)產(chǎn)出，確保數(shù)據(jù)的真實性及可靠性。

圖4，質(zhì)量管理體系

6，數(shù)據(jù)庫比對：

目前比較常用的數(shù)據(jù)庫包括，美國ATCC細胞庫，德國DSMZ細胞庫，日本JCRB細胞庫，日本Riken細胞庫，國家實驗細胞資源共享平臺，EXPASY數(shù)據(jù)庫結(jié)果。翼和實驗數(shù)據(jù)，通過自動檢索軟件，對比德國DSMZ細胞數(shù)據(jù)庫結(jié)果，后續(xù)人員復(fù)核依照21位點結(jié)果，比對EXPASY數(shù)據(jù)庫，國家實驗細胞資源共享平臺數(shù)據(jù)作為補充，復(fù)查數(shù)據(jù)結(jié)果。

圖5，數(shù)據(jù)庫比對結(jié)果

7，判讀標準:

匹配度(EV值)計算公式：=匹配度（%）

EV值≥1.0，細胞絕對匹配參考細胞結(jié)果。

0.8≤EV值＜1.0，細胞基本匹配參考細胞結(jié)果，基本匹配往往伴隨多等位的結(jié)果，需要參考21位點的結(jié)果來判讀是否是交叉污染，還是細胞微衛(wèi)星不穩(wěn)定導致的。

EV值＜0.8，細胞不匹配。

8，增值服務(wù)：

(1) 基于QPCR方法的4種屬鑒定結(jié)果，往往是人和小鼠STR鑒定體系檢測不到信號值的情況下，免費幫客戶補測種屬。確保種屬來源正確，或者排查其他種屬源細胞污染的情況。4種屬涵蓋：人，小鼠，大鼠，倉鼠，4個物種。

(2) 10種屬鑒定結(jié)果:QPCR原理的種屬檢測服務(wù)，后續(xù)根據(jù)客戶意愿決定是否需要排查4種屬外的其他物種結(jié)果。

(3) 英文報告：部分公司或者科研單位，尤其發(fā)表論文的老師，需要提供報告的英文報告用于發(fā)表論文。可以聯(lián)系對應(yīng)銷售人員安排免費出具英文報告結(jié)果。

(4) 為期至少一年的數(shù)據(jù)保留，和半年的客戶樣本保留。

9，STR應(yīng)用場景：

（1）常見永生化細胞的鑒定，論文發(fā)表和公司細胞庫建庫。

（2）細胞培養(yǎng)過程中的交叉污染情況排查。

（3）干細胞來源一致性比對。

（4）自主的原代細胞建立，排查污染和原始數(shù)據(jù)保留。

10，參考文獻：

1，A resource for cell line authentication, annotation and quality control Nature 520,307–311(16 April 2015)

2，Cell line misidentification：the beginning of the end Nature Reviews Cancer 10, (June 2010)

3，American Type Culture Collection Standards Development Organization Workgroup,A.S.N., Cell line misidentification: the beginning of the end. Nat Rev Cancer, 2010. 10(6):p. 441-8.

4，Reid Y, Storts D, Riss T, Minor L. Authentication of Human Cell Lines by STR DNA Profiling Analysis. Assay Guidance Manual [Internet]. Bethesda (MD): Eli Lilly & Company and the National Center for Advancing Translational Sciences; 2004-.2013 May 1.